药学专业前身为1966年淮阴卫校药剂进修班，是我院重点建设的专业之一，2005年开始招生五年制高职学生，2015年开始招生三年制高职学生。专业拥有“五中心一室”的专业实训基地，包括药分药化实训中心、模拟GMP实训中心、模拟药房实训中心、模拟静脉调配实训中心、药品质量检测实训中心和天然药物学实验室，实训基地占地面积约2000m2，设备价值200万元以上。同时与江苏省中医院、南京鼓楼中医院、淮安市第一人民医院、淮安市第二人民医院等省内单位合作，建立30多个校外实训基地。现有专职专业教师23人，副教授及以上比例为22%，硕士及以上学历比例为80%，双师比例为91%，其中执业药师9人，执业医师2人，化学检验技师3人。主要培养面向各级医院、社区医院、制药企业等单位，在医院药学部门，企业生产部、质量部等岗位，从事品调剂、静脉药物配置、用药指导、制剂生产、质量检查、药品销售、物流管理等工作的高素质技术技能人才。